2025 Winter School - Historique des versions

Bauj0001 le 5 mars 2025 à 17:51

2025-03-05T17:51:12Z

Bauj0001 le 5 mars 2025 à 17:05

2025-03-05T17:05:15Z

Bauj0001 le 4 mars 2025 à 00:21

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Bauj0001 le 3 mars 2025 à 22:53

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== Welcome to the winter school 2025 Data Analysis session! ==

La session a pour but de faire une initiation a la photogrammetrie a partir d'images de drones.
Pour cela nous utilisons un logiciel Open-Source : [https://www.opendronemap.org/ OpendroneMap]
Ce tutoriel contient toutes les informations étapes par étapes pour réaliser une première orthomosaique et un modèle de terrain 3D

== Getting started ==

Etant donné que la photogrammetrie nécéssite des ressources informatiques importantes notamment en terme de RAM, les traitements se feront
sur les infrastructures de calcul de l'UQAR qui héberge un [https://en.wikipedia.org/wiki/Computer_cluster cluster] appelé Pelerin

Pour accéder au cluster, nous allons utiliser un client https://fr.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH

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 Une fois le dossier .zip décompressé, lancez le programme .exe
-Now open a new SSH session by clicking on the tab  <code>sessions</code> → <code>ssh</code>.
+Now open a new SSH session by clicking on the tab  <code>session</code> → <code>SSH</code>.
+*Remote host is : '''calculs.uqar.ca'''
 *the username is: '''formation'''
 *The password is : *************

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 Given that photogrammetry requires significant computing resources, particularly in terms of RAM, the processing will be carried out on the UQAR high performance computing infrastructure which hosts a [https://en.wikipedia.org/wiki/Computer_cluster cluster] named Pelerin.
 === Connecting to Pelerin ===
 To access the cluster, we will use the client [https://fr.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH] MobaXterm.
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 *The password is : *************
-From now on, all the processing will be carried out using linux command lines. (Go to the Linux Basic Commands tab for help)
+From now on, all the processing will be carried out using linux commands. (If you're new to linux commands [https://www.geeksforgeeks.org/basic-linux-commands/ here] are some few help for basic commands you would need.)
 You are now on the computing infrastructure. to access the cluster:
   ssh pelerin
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 === User guide ===
+The same storage that have been mounted locally is also mount on pelerin. it is the directory <code>h25</code>. So that all the treatment done on pelerin will be directly accessible from your computer locally.
-*create a new directory under <code>/home/formation</code>:
+*create a new directory under <code>/home/formation/h25/WORKDIR/</code>:
-  mkdir ~/<my_directory>
+  mkdir ~/h25/WORKDIR/<my_directory>
 (note: as you are using a shared directory, please use a name different from the others, this can be your last name for example)
-*create a symbolic link from the data to a subdirectory that should be named <code>images</code> under your working directory:
+The directory ~/h25/DATASET/ contains all the images that have been taken during the field work and there are classed in different experiences called exp1,exp2 etc..
-  ln -s ~/DATASET/exp1 ~/<my_directory>/images
+*create a symbolic link from the data experience of your choice to a subdirectory that should be named <code>images</code> under your working directory:
 *You are now ready to create your first orthomosaic using singularity and ODM.
-  singularity run --bind ~/<my_directory>/:/datasets/code ~/odm.sif --project-path /datasets --fast-orthophoto
+  singularity run --bind ~/h25/WORKDIR/<my_directory>/:/datasets/code ~/odm.sif --project-path /datasets --fast-orthophoto
 This command is just an example of using ODM. The general syntax is:
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   singularity run [arguments for singularity] <path_to_odm>.sif [arguments for ODM]
-The command <code>singularity run</code> executes <code>odm.sif</code> avec des paramètres ou des options dont les principales sont listées ci-dessous. Vous trouverez une description exhaustive des arguments possibles ici.
+The command <code>singularity run</code> executes <code>odm.sif</code> with arguments, the main ones of which are listed below.
-<code>  -v $(pwd)/:/datasets/code </code> permet de faire un lien entre le répertoire local et l'emplacement virtuel dans le conteneur. Cette syntaxe va exécuter le script sur le disque contenant votre répertoire local (/archives ou /home par exemple).
+<code>  -v $(pwd)/:/datasets/code </code> allows you to make a link between the local directory and the virtual location in the container. This syntax will execute the script on the disk containing your local directory. Here, ~/h25/WORKDIR/<my_directory>/ .
 All the arguments and detailed informations for ODM can be found in the [https://docs.opendronemap.org/arguments/ ODM documentation]. The more useful are showed below:
-    --project-path /datasets crée l'arborescence des répertoires nécessaire pour le projet, dans le répertoire local. Il est important d'utiliser cette syntaxe pour être capable de relancer un traitement à mi-chemin (--rerun-from odm_meshing par exemple) une fois le traitement initial achevé.
+<code>--project-path /datasets</code> creates the directory tree needed for the project, in the local directory. It is important to use this syntax to be able to restart a process midway  (<code>--rerun-from odm_meshing</code> par exemple) while the treatment has finished.
-    --fast-orthophoto permet de réaliser une orthomosaïque sans faire de modèle 3D. Les résultats sont généralement passablement moins bons, mais le temps d'execution est nettement plus rapide.
-     --dtm permet de réaliser un modèle digital de terrain qui s'appuie sur les différentes élévations des objets retrouvés dans les photos
+<code>--fast-orthophoto</code> creates an orthomosaic without 3D DEM. Results are less accurate but the computing time is reduced.

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 == Welcome to the winter school 2025 Data Analysis session! ==
-La session a pour but de faire une initiation a la photogrammetrie a partir d'images de drones.
+The session aims to introduce photogrammetry from drone imagery.
-Pour cela nous utilisons un logiciel Open-Source : [https://www.opendronemap.org/ OpendroneMap]
+For this we use an Open-Source software: [https://www.opendronemap.org/ OpendroneMap]
-Ce tutoriel contient toutes les informations étapes par étapes pour réaliser une première orthomosaique et un modèle de terrain 3D
+This tutorial contains all the step-by-step information to create a first orthomosaic and a 3D DEM ([https://en.wikipedia.org/wiki/Digital_elevation_model Digital Elevation Model]) using ODM.
 == Getting started ==
-Etant donné que la photogrammetrie nécéssite des ressources informatiques importantes notamment en terme de RAM, les traitements se feront
+Given that photogrammetry requires significant computing resources, particularly in terms of RAM, the processing will be carried out on the UQAR high performance computing infrastructure which hosts a [https://en.wikipedia.org/wiki/Computer_cluster cluster] named Pelerin.
-Pour accéder au cluster, nous allons utiliser le client [https://fr.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH] MobaXterm.
+=== Connecting to Pelerin ===
 Please click on this link to download the client: [https://download.mobatek.net/2502024121622306/MobaXterm_Portable_v25.0.zip mobaxterm]
-or download the portable edition from https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html
+or (if link doesn't work), download the '''portable edition''' from https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html .

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	sur les infrastructures de calcul de l'UQAR qui héberge un [https://en.wikipedia.org/wiki/Computer_cluster cluster] appelé Pelerin		sur les infrastructures de calcul de l'UQAR qui héberge un [https://en.wikipedia.org/wiki/Computer_cluster cluster] appelé Pelerin

−	Pour accéder au cluster, nous allons utiliser un client https://fr.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH	+	Pour accéder au cluster, nous allons utiliser le client [https://fr.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH] MobaXterm.
		+	Please click on this link to download the client: [https://download.mobatek.net/2502024121622306/MobaXterm_Portable_v25.0.zip mobaxterm]
		+	or download the portable edition from https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html