GOTM - General Ocean Turbulence Model - Historique des versions

Caveenj : /* Visualisation des résultats */

2019-03-14T15:29:14Z

Visualisation des résultats

Sennevil le 2 juin 2017 à 17:32

2017-06-02T17:32:39Z

Sennevil le 2 juin 2017 à 17:29

2017-06-02T17:29:09Z

Caveenj : 57 révisions importées

2017-06-01T18:49:18Z

57 révisions importées

Dumoda01 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-30T15:53:57Z

Ajout d'un modèle biologique

Dumoda01 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-30T15:52:27Z

Ajout d'un modèle biologique

Greg0005 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-30T15:21:39Z

Ajout d'un modèle biologique

Greg0005 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-30T15:21:07Z

Ajout d'un modèle biologique

Greg0005 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-30T14:56:48Z

Ajout d'un modèle biologique

Greg0005 : /* Ajout d'un modèle biologique */

2016-06-27T20:41:10Z

Ajout d'un modèle biologique

← Version précédente		Version du 14 mars 2019 à 15:29
Ligne 360 :		Ligne 360 :
	qui apparaît dans le script. Voici donc quelques exemples appliqués à une simulation couplée représentant le golfe d'Amundsen avec le modèle biologique de type Fasham et al. (1990).		qui apparaît dans le script. Voici donc quelques exemples appliqués à une simulation couplée représentant le golfe d'Amundsen avec le modèle biologique de type Fasham et al. (1990).

−	[[Category:Modèles numériques]]	+	[[Category:Modèles numériques]]

@@ Ligne 1 : / Ligne 1 : @@
 = Introduction =
-GOTM (General Ocean Turbulence Model) est un modèle libre qui simule les processus physique d'une colonne d'eau lacustre ou océanique en solutionnant les équations du transport moyen et turbulent sur la verticale. Il a été développé à l'origine par Hans Burchard, Karsten Bolding, Manuel Ruiz-Villareal et Pierre-Philippe Mathieu et hébergé à l'Institute of Oceanography in Hambourg d'où l'on peut obtenir le code source ([http://www.gotm.net/ www.gotm.net]). Depuis 2008, Dany Dumont et plusieurs étudiants et collaborateurs ont utilisé ce code riche et versatile dans plusieurs projets. Pour faciliter la collaboration interne et pour tirer parti des modifications apportées, une branche du code gotm-4.0.0 a été déposée dans un dépôt [[svn]] sur les serveurs du LASSO (ISMER) sous le nom de gotm_ismer. Ce dépôt a été créé afin de partager et de documenter à l'interne les avancées faites par chacun. Lorsque le code évolue significativement, les modifications sont proposées à l'équipe de développeurs qui les incorporent dans la version officielle, profitant ainsi à toute la communauté GOTM.
+GOTM (General Ocean Turbulence Model) est un modèle libre qui simule les processus physique d'une colonne d'eau lacustre ou océanique en solutionnant les équations du transport moyen et turbulent sur la verticale. Il a été développé à l'origine par Hans Burchard, Karsten Bolding, Manuel Ruiz-Villareal et Pierre-Philippe Mathieu et hébergé à l'Institute of Oceanography in Hambourg d'où l'on peut obtenir le code source ([http://www.gotm.net/ www.gotm.net]). Depuis 2008, Dany Dumont et plusieurs étudiants et collaborateurs ont utilisé ce code riche et versatile dans plusieurs projets. Pour faciliter la collaboration interne et pour tirer parti des modifications apportées, une branche du code gotm-4.0.0 a été déposée dans un dépôt [[svn]] sur les serveurs du POLR (ISMER) sous le nom de gotm_ismer. Ce dépôt a été créé afin de partager et de documenter à l'interne les avancées faites par chacun. Lorsque le code évolue significativement, les modifications sont proposées à l'équipe de développeurs qui les incorporent dans la version officielle, profitant ainsi à toute la communauté GOTM.
 = Guide d'utilisation =
@@ Ligne 6 : / Ligne 6 : @@
 Le code <tt>gotm_ismer</tt> est en fait une copie du code <tt>gotm-4.0.0</tt> qui a subit quelques modifications somme toute assez superficielles associées aux modèles biogéochimiques. Dans un futur pas très lointain, l'objectif est de migrer vers [[FABM]] (Framework for Aquatic Biogeochemical Models), un code traitant les modèles biogéochimiques de manière modulaire et donc beaucoup plus flexible, couplés à gotm-4.1.
-Pour obtenir le code gotm_ismer, vous devez d'abord avoir obtenu un accès à [[gitlasso]], le gestionnaire de version décentralisé du LASSO.
+Pour obtenir le code gotm_ismer, vous devez d'abord avoir obtenu un accès à [[gitlasso]], le gestionnaire de version décentralisé du POLR.
 Dans votre répertoire /home, exécutez la commande suivante:

← Version précédente		Version du 2 juin 2017 à 17:29
Ligne 359 :		Ligne 359 :

	qui apparaît dans le script. Voici donc quelques exemples appliqués à une simulation couplée représentant le golfe d'Amundsen avec le modèle biologique de type Fasham et al. (1990).		qui apparaît dans le script. Voici donc quelques exemples appliqués à une simulation couplée représentant le golfe d'Amundsen avec le modèle biologique de type Fasham et al. (1990).
		+
		+	[[Category:Modèles numériques]]

@@ Ligne 141 : / Ligne 141 : @@
   Dans bio_fasham.F90 remplacer tous les lieux ou sera écrit "fasham" par "polynow".
-Par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' vous pourrez librement construire/améliorer votre modèle biologique.
+Par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' vous pourrez librement construire ou améliorer votre modèle biologique.
-'''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable.Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par exemple il est important de noter la valeur de l'indice attribué au nitrate et à l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''ammonium.F90'' et ''nitrates.F90''.
+'''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable. Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par exemple il est important de noter la valeur de l'indice attribué au nitrate et à l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''ammonium.F90'' et ''nitrates.F90''.
-  '''''Dans le fichier bio_polynow.F90, sub routine var_info_polynow:'''''
+  '''''Dans le fichier bio_polynow.F90, sous-routine var_info_polynow:'''''
-    var_names('''5''') = 'nit'  !!numcc du nitrate :5
+    var_names('''5''') = 'nit'  ! indice du nitrate = 5
     var_units(5) = 'mmol/m**3'
     var_long(5)  = 'nitrate'
-    var_names('''6''') = 'amm'  !!numcc de l'ammonium :6
+    var_names('''6''') = 'amm'  ! indice de l'ammonium = 6
     var_units(6) = 'mmol/m**3'
     var_long(6)  = 'ammonium'

@@ Ligne 112 : / Ligne 112 : @@
 === Ajout d'un modèle biologique ===
-Avant de ce lancer dans l'ajout d'un modèle biologique, il peut être intéressant de comprendre la structure générale de GOTM et comment chaque module et sub-routine sont liés entre eux.
+Avant de se lancer dans l'ajout d'un modèle biologique, il peut être intéressant de comprendre la structure générale de GOTM et comment les modules (''.mod'') et sous-routine (''.F90'') sont liés entre eux, afin de comprendre comment modifier le code pour que nos ajouts/corrections soient pris en considération. Une présentation schématique est disponible ici : [https://drive.google.com/file/d/0B4GzaM0BUgWsWllZLXhYT3BQWm8/view?usp=sharing].
 Il existe actuellement plusieurs modèles biologiques disponibles, répertoriés dans la namelist ''bio.nml'':
@@ Ligne 128 : / Ligne 126 : @@
 : North water polynya's model   (tbd)
-Mais selon vos besoins vous pourriez coder et/ou configurer votre propre modèle biologique afin de répondre à votre question de recherche.
+Selon vos besoins vous pourriez avoir envie de construire votre propre modèle de réaction afin de répondre à votre question de recherche.
-Voici ici les étapes à suivre pour ajouter votre nouveau modèle biologique:
+Voici les étapes à suivre pour ajouter un nouveau modèle à partir d'un modèle existant:
 *'''model_name.F90'''
-L'ensemble des fichiers avec l'extension ''.F90'' se trouvent dans le répertoire ''/gotm_ismer/src/extras/bio''.
+L'ensemble des fichiers avec l'extension ''.F90'' se trouvent dans le répertoire ''/gotm_ismer/src/extras/bio''. Choisissez parmi les modèles biologiques déjà disponibles, celui se rapprochant le plus de celui que vous souhaitez développer. Faite une copie de ce fichier en le renommant avec le nom de votre modèle:
   mv /gotm_ismer/src/extras/bio/initial_model_name.F90 /gotm_ismer/src/extras/bio/final_model_name.F90
-Il s'agira par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' de renommer partout l’ancien nom du modèle par le nouveau.
+Il s'agira par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' de renommer partout l’ancien nom du modèle par le nouveau. Exemple:
   Fichier initial : bio_fasham.F90
   Fichier final   : bio_polynow.F90
-  Dans bio_nocera.F90 remplacer tous les lieux ou sera écrit "fasham" par "polynow".
+  Dans bio_fasham.F90 remplacer tous les lieux ou sera écrit "fasham" par "polynow".
 Par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' vous pourrez librement construire/améliorer votre modèle biologique.
-'''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable.Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par Exemple il est important de noter le ''numcc'' des variables du nitrate et de l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''Ammonium.F90'' et ''Nitrates.F90''.
+'''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable.Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par exemple il est important de noter la valeur de l'indice attribué au nitrate et à l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''ammonium.F90'' et ''nitrates.F90''.
   '''''Dans le fichier bio_polynow.F90, sub routine var_info_polynow:'''''
@@ Ligne 169 : / Ligne 165 : @@
 *'''bio.F90'''
-Ce fichier, permet de répertorier l'ensemble des modèles biologiques disponibles, et de sélectionner parmi eux (d'après le choix par l'utilisateur via la namelist ''bio.nml'') celui à prendre en compte lorsque l'on fera tourner le modèle.
+Ce fichier permet de répertorier l'ensemble des modèles biologiques disponibles et de sélectionner parmi eux (d'après le choix par l'utilisateur via la namelist ''bio.nml'') celui à prendre en compte lorsque l'on fera tourner le modèle. Il s'agira donc de répertorier ici votre nouveau modèle biologique à 3 endroits différents:
-  '''''* Dans la partie descriptive du module:'''''
+  '''''* Dans la partie déclaration du module:'''''
     use bio_polynow,  only : init_bio_polynow,init_var_polynow,var_info_polynow
     use bio_polynow,  only : light_polynow,do_bio_polynow
-  '''''*Dans la partie de la sub-routine init_bio'''''
+  '''''*Dans la partie déclaration de la sous-routine init_bio'''''
   case (9)
   call init_bio_polynow(namlst,'bio_polynow.nml',unit)
@@ Ligne 185 : / Ligne 180 : @@
   ''Notre modèle bio_polynow est donc le 9eme modèle associé à GOTM dans les répertoires de l'ismer, et celui de Fasham par exemple est référencé comme le numéro 4.''
-  '''''*Dans la partie de la sub-routine do_bio'''''
+  '''''*Dans la partie déclaration de la sous-routine do_bio'''''
   case (9)
   call light_polynow(nlev,bioshade_feedback)
@@ Ligne 191 : / Ligne 186 : @@
 *'''Makefile'''
-Il s'agira dans ce fichier d'ajouter également votre modèle (lignes à insérer de manière similaire à celles référençant les autres modèles ) :
+Ajoutez dans ce fichier votre modèle (lignes à insérer de manière similaire à celles référençant les autres modèles ) :
   bio_polynow.F90		\
   ${LIB}(bio_polynow.o)	\
 *'''bio.nml'''
-Dans la namelist ''bio.nml'' (disponible dans le répertoire /gotm_ismer/nml) il s'agira d'ajouter votre modèle dans la partie description.
+Dans la namelist ''bio.nml'' (disponible dans le répertoire /gotm_ismer/nml) ajoutez votre modèle dans la partie description.
 : North water polynya's model   (tbd)
@@ Ligne 216 : / Ligne 211 : @@
 ==== Ajout d'une constante dans le modèle biologique ====
-Lors de l'élaboration de votre modèle biologique vous pouvez être amené à utiliser des constantes dans vos équations.Pour ce faire il y a quelques étapes à respecter.
+Lors de l'élaboration de votre modèle biologique vous pouvez être amené à utiliser des constantes dans vos équations. Pour ce faire il y a quelques étapes à respecter. Nous prendrons ici l'exemple de l'équation de la '''nitrification''' et donc l'ajout de la constante de nitrification, ''mu5''.
 *'''bio_polynow.F90'''
@@ Ligne 227 : / Ligne 220 : @@
   REALTYPE                  ::  mu5      = 0.1
-  '''''Dans la sub-routine initi_bio_polynow'''''
+  '''''Dans la sous-routine init_bio_polynow'''''
     namelist /bio_polynow_nml/ numc, &
                          p_initial,z_initial,b_initial,d_initial,           &
@@ Ligne 236 : / Ligne 229 : @@
                          theta,w_pmax,w_pmin
-  '''''Dans la sub-routine do_bio_polynow'''''
+  '''''Dans la sous-routine do_bio_polynow'''''
        dd(a,n,ci)=mu5*cc(a,ci)
 *'''bio_polynow.nml'''
-Il faudra ensuite, modifier la namelist ''bio_polynow.nml''      , et y référencer le taux de nitrification:
+Il faudra ensuite modifier la namelist ''bio_polynow.nml'' et y référencer le taux de nitrification:
   '''''Dans la description de la namelist'''''
   !  mu5     = nitrification rate                                  [1/day]

← Version précédente	Version du 1 juin 2017 à 18:49
(Aucune différence)

@@ Ligne 149 : / Ligne 149 : @@
 '''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable.Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par Exemple il est important de noter le ''numcc'' des variables du nitrate et de l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''Ammonium.F90'' et ''Nitrates.F90''.
-  '''Dans le fichier bio_polynow.F90, sub routine var_info_polynow:'''
+  '''''Dans le fichier bio_polynow.F90, sub routine var_info_polynow:'''''
     var_names('''5''') = 'nit'  !!numcc du nitrate :5
     var_units(5) = 'mmol/m**3'
@@ Ligne 157 : / Ligne 157 : @@
     var_long(6)  = 'ammonium'
-  '''Dans le fichier nitrates.F90:'''
+  '''''Dans le fichier nitrates.F90:'''''
     else if (bio_model.eq.9) then  !! Le 9 ici fait référence au modèle sélectionné (voir section bio.F90)
        do i=1,nlev
           nit(i) = cc('''5''',i)
       end do
-  '''Dans le fichier ammonium.F90:'''
+  '''''Dans le fichier ammonium.F90:'''''
   else if (bio_model.eq.9) then
        do i=1,nlev

← Version précédente		Version du 30 juin 2016 à 14:56
Ligne 146 :		Ligne 146 :

	Par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' vous pourrez librement construire/améliorer votre modèle biologique.		Par la suite dans ce fichier ''final_model_name.F90'' vous pourrez librement construire/améliorer votre modèle biologique.
		+
		+	'''Note''': dans ce fichier .F90, la routine ''var_info_modelname'' spécifie le numéro de chaque variable.Il peut être par la suite utilisé par d'autres routines. Par Exemple il est important de noter le ''numcc'' des variables du nitrate et de l'ammonium pour les référencer correctement dans les fichiers ''Ammonium.F90'' et ''Nitrates.F90''.
		+
		+	Dans le fichier bio_polynow.F90, sub routine var_info_polynow:
		+	var_names('''5''') = 'nit' !!numcc du nitrate :5
		+	var_units(5) = 'mmol/m**3'
		+	var_long(5) = 'nitrate'
		+	var_names('''6''') = 'amm' !!numcc de l'ammonium :6
		+	var_units(6) = 'mmol/m**3'
		+	var_long(6) = 'ammonium'
		+
		+	Dans le fichier nitrates.F90:
		+	else if (bio_model.eq.9) then !! Le 9 ici fait référence au modèle sélectionné (voir section bio.F90)
		+	do i=1,nlev
		+	nit(i) = cc('''5''',i)
		+	end do
		+	Dans le fichier ammonium.F90:
		+	else if (bio_model.eq.9) then
		+	do i=1,nlev
		+	amm(i) = cc('''6''',i)
		+	end do

	*'''bio.F90'''		*'''bio.F90'''

@@ Ligne 184 : / Ligne 184 : @@
 Une fois le fichier copier ne pas oublier de modifier dans le fichier le nom de la namelist.
-gedit bio_polynow.nml
+ gedit bio_polynow.nml
-&bio_polynow_nml
+ &bio_polynow_nml
 Une fois toutes ces étapes réalisées, vous pourrez aller dans le dossier ''/src'' et recompiler le modèle comme mentionné précédemment à l'aide des commandes :