NEMO@POLR - Historique des versions

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-17T16:47:32Z

Utiliser et gérer NEMO

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-17T16:46:20Z

Utiliser et gérer NEMO

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-17T16:07:52Z

Utiliser et gérer NEMO

Caveenj : /* NEMO au POLR */

2020-03-10T18:33:00Z

NEMO au POLR

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-10T17:28:02Z

Utiliser et gérer NEMO

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-09T20:43:58Z

Utiliser et gérer NEMO

Caveenj : /* NEMO au POLR */

2020-03-09T20:37:22Z

NEMO au POLR

Caveenj : /* Utiliser et gérer NEMO */

2020-03-09T19:54:25Z

Utiliser et gérer NEMO

Sennevil : /* NEMO au POLR */

2020-03-04T14:26:22Z

NEMO au POLR

Sennevil : /* Créer un nouvelle CONFIG dans NEMO */

2020-03-03T16:08:20Z

Créer un nouvelle CONFIG dans NEMO

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 ==Utiliser et gérer NEMO==
 Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[COFFRE_ET_NEMO]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).
 Un '''mécanisme de restart automatisé''' a été mis en place au ''POLR''. Pour savoir comment l'utiliser, veuillez vous référer à la documentation de [[nemo_restart]].

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	==Utiliser et gérer NEMO==		==Utiliser et gérer NEMO==
−	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[COFFRE_ET_NEMO]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).	+	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[COFFRE_ET_NEMO]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).
		+
		+	Un '''mécanisme de restart automatisé''' a été mis en place au ''POLR''. Pour savoir comment l'utiliser, veuillez vous référer à la documentation de [[nemo_restart]].

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	[[Category:Modèles numériques]]		[[Category:Modèles numériques]]
	[[Category:COFFRE]]		[[Category:COFFRE]]
		+	[[Category:RESTART]]

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 À l'ISMER, NEMO a été choisi comme successeur de MOR. Cette section décrit brièvement certaines informations utiles pour utiliser NEMO mais également l'environnement dans lequel il est utilisé sur la grappe de calculs de l'UQAR.
-Afin de conserver l'historique lié à un projet, nous avons conçu une enveloppe qui, à l'aide de Git, conserve l'historique des modifications du code et celui de ces composantes. Pour ce faire, nous avons opté pour l'utilisation de sous-modules. Nous avons nommé cette enveloppe "[[COFFRE|Coffre]]". Dans sa forme la plus simple, le coffre est un dépôt Git contenant des sous-modules et une structure pour stocker les configurations des simulateurs utilisés. L'idée est de s'assurer de pouvoir reproduire des simulations antérieures, que ce soit pour faire des vérifications ou bien reprendre un projet là où il avait été laissé.
+Afin de conserver l'historique lié à un projet, nous avons conçu une enveloppe qui, à l'aide de Git, conserve l'historique des modifications du code et celui de ces composantes. Pour ce faire, nous avons opté pour l'utilisation de sous-modules. Nous avons nommé cette enveloppe "[[COFFRE_ET_NEMO|Coffre]]". Dans sa forme la plus simple, le coffre est un dépôt Git contenant des sous-modules et une structure pour stocker les configurations des simulateurs utilisés. L'idée est de s'assurer de pouvoir reproduire des simulations antérieures, que ce soit pour faire des vérifications ou bien reprendre un projet là où il avait été laissé.
 Dans cet exemple, la structure du coffre sera celle liée aux spécificités du simulateur NEMO, mais chaque projet aboutira avec un coffre différent. Dans le cadre de l'utilisation avec NEMO, le premier sous-module est lié avec le code de NEMO. Ce sous-module pointe vers une révision du projet NEMO sur le [https://gitlasso.uqar.ca/ GitLasso]. Ce projet NEMO contient lui-même un sous-module le liant à un projet CICE sur le GitLasso également. CICE est le modèle de glace que nous avons choisi dans cet exemple. Les configurations de NEMO sont généralement incluses dans le répertoire NEMOCGM/CONFIG. Dans notre structure, ce répertoire point vers ../ISMER_NEMO_CONFIG. Ce répertoire est un élément à part entière du coffre, il contient les configurations du NEMO (ex. EXP00) et les modifications du code (MY_SRC). Nous avons ajouté un autre sous-module nommé outils_ISMER qui contient le code nécessaire pour préparer les intrants et analyser les sorties du simulateur. Donc en sauvegardant le coffre à l'aide de Git, nous conservons également toutes les informations nécessaires pour reproduire l'expérience.

← Version précédente		Version du 10 mars 2020 à 17:28
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	==Utiliser et gérer NEMO==		==Utiliser et gérer NEMO==
−	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[~~COFFRE~~]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).	+	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[COFFRE_ET_NEMO]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).

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	==Utiliser et gérer NEMO==		==Utiliser et gérer NEMO==
−	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette ~~section en~~ documente l'utilisation. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).	+	Afin de conserver une trace des développements de NEMO à l'ISMER et de tous les outils nécessaires pour reproduire la simulation, nous avons opté pour un système de sous-module dans GIT. Cette page du WIKI POLR documente l'utilisation de l'outil [[COFFRE]]. L'idée générale est de contenir dans un coffre, géré par GIT, toutes les informations nécessaires à reproduire la simulation (code NEMO, code CICE, code MATLAB pour produire les intrants, etc.).

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	[[Category:NEMO]]		[[Category:NEMO]]
	[[Category:Modèles numériques]]		[[Category:Modèles numériques]]
		+	[[Category:COFFRE]]

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        |     |   |-CICE_SRC (sous-module Git)
+       |
-       |-ISMER_NEMO_CONFIGA
+       |-ISMER_NEMO_CONFIG
                  |- GSL5KM_CICE4
                          |- MY_SRC (code de NEMOGCM modifié)
                          |- EXP00  (expérience de NEMO)
 ===Notions utiles pour l'utilisation de NEMO et des ses résultats===

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 Des informations sont également disponibles à l'adresse suivante: [http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/wiki/Users/SetupNewConfiguration nemo/wiki/Users/SetupNewConfiguration]
-Par exemple, créons une CONFIG pour le domaine du golfe du Saint-Laurent GSL5km basé sur le configuration de MoGSL. Les étapes nécessaires
+Par exemple, créons une CONFIG pour le domaine du golfe du Saint-Laurent GSL5km basé sur le configuration de MoGSL. voici les étapes nécessaires:
 *1.Créer un répertoire pour la nouvelle configuration
-:-cd NEMO-code/NEMOGCM/CONFIG
+:-cd NEMOGCM/CONFIG
 :-mkdir GSL5KM
 *2.Créer un fichier permettant à FCM de faire la compilation et la construction de l’exécutable.
 Ce fichier doit contenir toutes les informations sur les clefs de précompilation pour NEMO. Dans la version du CMC, ces clefs se retrouvent dans BB_make.ldef. La définition de toutes les clefs se retrouve à l’adresse suivante : http://www.nemo-ocean.eu/Using-NEMO/User-Guides/Basics/cpp-keys-v3_4
 *3.Ajouter les fichiers de code source relatif à la nouvelle configuration dans CONFIG/GSL5KM/MY_SRC/.
-Aucun code pour le moment.
-*4.Déterminer les paramètres de la grille de la nouvelle configuration.
+*4.Déterminer les paramètres de la nouvelle configuration.
 Ces paramètres sont déterminés dans les fichiers CONFIG/GSL5KM/EXP00/namelist_cfg et  CONFIG/GSL5KM/EXP00/namelist_ref.
 *5.Ajouter la nouvelle configuration à cfg.txt
 Le fichier se retrouve dans CONFIG/cfg.txt
 *6.Compilation
 Pour générer la nouvelle configuration MY_GSL5KM à partir de GSL5KM :