PBS et matlab - Historique des versions

Sennevil : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2020-06-12T13:46:09Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Bluc0003 le 4 octobre 2019 à 18:39

2019-10-04T18:39:45Z

Bluc0003 : Modifier car les commandes -nosplash, -nojvm etc empêchait d'imprimer des figures sur le disque.

2019-10-04T18:38:27Z

Modifier car les commandes -nosplash, -nojvm etc empêchait d'imprimer des figures sur le disque.

Caveenj : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2018-11-01T17:57:25Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Duqk0001 : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2018-07-16T20:58:58Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Duqk0001 : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2018-07-16T20:58:27Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Duqk0001 : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2018-07-16T20:53:36Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Caveenj : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2018-03-14T20:01:20Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Caveenj : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2017-12-07T20:58:17Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

Caveenj : /* Exécution en lot d'une tâche Matlab */

2017-07-24T14:54:12Z

Exécution en lot d'une tâche Matlab

← Version précédente		Version du 12 juin 2020 à 13:46
Ligne 10 :		Ligne 10 :
	Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation '''< /dev/null''' n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucles d'erreurs à l'infini.		Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation '''< /dev/null''' n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucles d'erreurs à l'infini.

−	'''IMPORTANT :''' Pour le gestionnaire de licences (FLEXLM), l'utilisation de '''< /dev/null''' a pour conséquence de rendre de votre tâche Matlab '''interactive''' à ses yeux. '''Votre licence vous sera donc automatiquement retirée au bout de quatre heures, ce qui mettra fin à l'exécution de votre session Matlab'''.	+	'''IMPORTANT :''' Pour le gestionnaire de licences (FLEXLM), l'utilisation de '''< /dev/null''' a pour conséquence de rendre de votre tâche Matlab '''interactive''' et inactive à ses yeux. '''Votre licence vous sera donc automatiquement retirée au bout de quatre heures, ce qui mettra fin à l'exécution de votre session Matlab'''.

@@ Ligne 49 : / Ligne 49 : @@
   matlab -nodesktop  -logfile produire_anim1.log -r "try; run('produire_anim1.m'); catch; end; quit" < /dev/null
-Les figures doivent être lancés avec l'option 'visible' set à 'off'
+Les figures doivent être lancés avec l'option 'visible' set à 'off' à l'intérieur de 'produire_anim1.m'
 hf=figure;
 set(hf,'visible','off')

← Version précédente	Version du 4 octobre 2019 à 18:38
Ligne 46 :	Ligne 46 :


	+	Lorsqu'il y a des figures à imprimer via la commande print(nomFichier,'-dpng') ou imwrite dans les taches matlab, veuillez utiliser:
	+	matlab -nodesktop -logfile produire_anim1.log -r "try; run('produire_anim1.m'); catch; end; quit" < /dev/null

	+	Les figures doivent être lancés avec l'option 'visible' set à 'off'
	+	hf=figure;
	+	set(hf,'visible','off')

← Version précédente		Version du 1 novembre 2018 à 17:57
Ligne 8 :		Ligne 8 :


−	Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation < /dev/null n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucles d'erreurs à l'infini.	+	Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation '''< /dev/null''' n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucles d'erreurs à l'infini.
		+
		+	'''IMPORTANT :''' Pour le gestionnaire de licences (FLEXLM), l'utilisation de '''< /dev/null''' a pour conséquence de rendre de votre tâche Matlab '''interactive''' à ses yeux. '''Votre licence vous sera donc automatiquement retirée au bout de quatre heures, ce qui mettra fin à l'exécution de votre session Matlab'''.

← Version précédente		Version du 16 juillet 2018 à 20:58
Ligne 8 :		Ligne 8 :


−	Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation < /dev/null n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des ~~boucle~~ d'~~erreur~~ à l'infini.	+	Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation < /dev/null n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucles d'erreurs à l'infini.

@@ Ligne 8 : / Ligne 8 : @@
-Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''.
+Cette commande lancera '''Matlab''' et celui-ci exécutera automatiquement le code contenu dans le script ''<fichier_matlab>''. Les messages résultant de l’exécution seront écrits dans le fichier ''<fichier_log>''. L'utilisation < /dev/null n'est pas obligatoire mais empêche MATALB de faire des boucle d'erreur à l'infini.
 Exemple:
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim.log -r "try; run('produire_anim.m'); catch; end; quit < /dev/null"
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim.log -r "try; run('produire_anim.m'); catch; end; quit " < /dev/null

@@ Ligne 5 : / Ligne 5 : @@
 Il est possible de lancer l'exécution automatique d'un script lors du lancement de '''Matlab''' en utilisant la syntaxe suivante:
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile <fichier_log>.log -r "try; run('<fichier_matlab>'); catch; end; quit"
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile <fichier_log>.log -r "try; run('<fichier_matlab>'); catch; end; quit " < /dev/null
@@ Ligne 12 : / Ligne 12 : @@
 Exemple:
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim.log -r "try; run('produire_anim.m'); catch; end; quit"
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim.log -r "try; run('produire_anim.m'); catch; end; quit < /dev/null"
@@ Ligne 33 : / Ligne 33 : @@
   #On lance 5 taches en arrière-plan (... &)
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim1.log -r "try; run('produire_anim1.m'); catch; end; quit" &
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim1.log -r "try; run('produire_anim1.m'); catch; end; quit" < /dev/null &
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim2.log -r "try; run('produire_anim2.m'); catch; end; quit" &
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim2.log -r "try; run('produire_anim2.m'); catch; end; quit" < /dev/null &
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim3.log -r "try; run('produire_anim3.m'); catch; end; quit" &
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim3.log -r "try; run('produire_anim3.m'); catch; end; quit" < /dev/null &
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim4.log -r "try; run('produire_anim4.m'); catch; end; quit" &
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim4.log -r "try; run('produire_anim4.m'); catch; end; quit" < /dev/null &
-  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim5.log -r "try; run('produire_anim5.m'); catch; end; quit" &
+  matlab -nojvm -nosplash -nodesktop -nodisplay -logfile produire_anim5.log -r "try; run('produire_anim5.m'); catch; end; quit" < /dev/null &
   #On attend que toutes les taches se terminent
@@ Ligne 53 : / Ligne 53 : @@
 * une licence par utilisateur, par nœud de calcul ;
 * sur un même nœud, un utilisateur peut lancer plusieurs instances de ''Matlab'' en ne consommant qu'une seule licence .

@@ Ligne 23 : / Ligne 23 : @@
+  #
   ###################################################
-  #PBS -l nodes=1:ppn:5
+  #PBS -l nodes=1:ppn=5
   #PBS -l mem=50gb
   #PBS -N tache_matlab
@@ Ligne 29 : / Ligne 29 : @@
   #PBS -j oe
-  cd $PBS_O_WORK_DIR
+  cd $PBS_O_WORKDIR
   module load matlab2015b

@@ Ligne 50 : / Ligne 50 : @@
 '''NOTE'''
-'''Si la tâche que vous désirez soumettre via ''qsub'' utilise ''Matlab'', vous devez vous assurer que vous n'avez pas une session ''Matlab'' déjà active sur un nœud, que ce soit une session interactive sur ''compute-0-2'' ou ''compute-0-3''  ou une tâche en lot sur un autre nœud de calcul. Cette restriction découle du fait que nous n'avons que 10 licences ''Matlab'' et que ces licences sont attribuées de la façon suivante:'''
+'''Lorsque la tâche que vous désirez soumettre via ''qsub'' utilise ''Matlab'', vous devez vous assurer que vous n'avez pas une session ''Matlab'' déjà active sur un nœud, que ce soit une session interactive sur ''compute-0-2'' ou ''compute-0-3''  ou une tâche en lot sur un autre nœud de calcul. Cette restriction découle du fait que nous n'avons que 10 licences ''Matlab'' et que ces licences sont attribuées de la façon suivante:'''
 * une licence par utilisateur, par nœud de calcul ;