Prep nemo run - Historique des versions

Caveenj : /* Documentation du script prep_nemo_run.sh */

2020-03-17T20:26:47Z

Documentation du script prep_nemo_run.sh

Caveenj : /* Exemple à partir d'anciens restart */

2020-03-17T19:08:44Z

Exemple à partir d'anciens restart

Caveenj : /* À partir du pas de temps 0 (zéro) */

2020-03-17T15:19:19Z

À partir du pas de temps 0 (zéro)

Caveenj : /* À partir du pas de temps 0 (zéro) */

2020-03-17T15:17:50Z

À partir du pas de temps 0 (zéro)

Caveenj : /* Utilisation */

2020-03-17T14:51:08Z

Utilisation

Caveenj : /* Exemple à partir d'anciens restart */

2020-03-17T14:34:52Z

Exemple à partir d'anciens restart

Caveenj : /* Relancer une simulation stoppée par MAXSUB */

2020-03-17T14:33:42Z

Relancer une simulation stoppée par MAXSUB

Caveenj : /* À partir du pas de temps 0 (zéro) */

2020-03-17T14:32:21Z

À partir du pas de temps 0 (zéro)

Caveenj le 17 mars 2020 à 12:55

2020-03-17T12:55:53Z

Caveenj : Page créée avec « # Documentation du script prep_nemo_run.sh Le script '''prep_nemo_run.sh''' sert à préparer l'environnement de la prochaine itération du modèle '''NEMO'''. '''NOTE :... »

2020-03-17T12:53:15Z

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# Documentation du script prep_nemo_run.sh

Le script '''prep_nemo_run.sh''' sert à préparer l'environnement de la
prochaine itération du modèle '''NEMO'''.

'''NOTE : ''' Ici, le mot ''itération''
signifie une intégration du modèle sur un sous-ensemble de pas de
temps lorsqu'une simulation complète est fragmentée avec des fichiers
de ''restart''.

## Utilisation

### À partir du pas de temps 0 (zéro)

Premièrement, on édite le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md) et les
gabarits [namelist_cfg_polr](namelist_cfg_polr.md) et
[ice_in_polr](ice_in_polr.md) pour y indiquer les paramètres de la
simulation. Au besoin, on crée aussi le répertoire qui contiendra les
fichiers de ''restart'' du modèle de glace (_ice_restart_dir_).

On fait ensuite un appel à '''prep_nemo_run.sh''' pour lancer la moulinette.

'''prep_nemo_run.sh''' fera alors les opération suivantes:

* lire le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md) pour en extraire les informations nécessaires au calcul des premiers pas de temps à exécuter ;
* calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;
* créer le fichier '''restart.db''' et y inscrire une première ligne (e.g., ''1 1 7200'', pour les pas de 1 à 7200) ;
* faire un appel à [lance_nemo_run.sh](lance_nemo_run.sh.md) qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub lance_job.pbs'' pour lancer la simulation.

Lorsque cette première itération sera complétée, '''prep_nemo_run.sh'''
sera rappelé automatiquement (par lance_job.pbs) pour initialiser la prochaine itération du modèle.

Pour les itérations suivantes, '''prep_nemo_run.sh''' fera les opération suivantes:

* vérifier que l'itération précédente s'est bien terminée en comparant le contenu des fichiers ''time.step'' du modèle (créé par NEMO) et ''restart.db'' ;
* vérifier la valeur de ''MAXSUB'' lue dans [env_polr.sh](env_polr.sh.md) afin de s'assurer qu'on doit démarrer une nouvelle itération, sinon, on arrête ;
* lire le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md) pour en extraire les informations nécessaires au calcul des prochains pas de temps à exécuter ;
* calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;
* ajouter à la fin du fichier '''restart.db''' une nouvelle ligne pour les prochains pas de temps (e.g., ''2 7201 16128'') ;
* effacer les fichiers ''mesh_mask_*'' ;
* déplacer les fichiers de ''restart'' dans le sous-répertoire ''RST/RST_[NO_DE_PAS_DE_TEMPS]'' ;
* créer des liens symboliques ''restart_xxxxx.nc'' vers ces fichiers de ''restart'' ;
* refaire un appel à [lance_nemo_run.sh](lance_nemo_run.sh.md) qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub'' pour poursuivre la simulation.

La séquence se poursuivra jusqu'à ce que le nombre d'itérations soit égal à ''MAXSUB'' .

### Relancer une simulation stoppée par ''MAXSUB''

Lorsqu'une simulation a été stoppée parce que le nombre d'itérations a
atteint la valeur de ''MAXSUB'', on peut poursuivre la simulation en
augmentant la valeur de ''MAXSUB'' dans le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md).

Pour relancer la simulation, on fait ensuite un appel à
[prep_nemo_run.sh](prep_nemo_run.sh.md).

### Relancer une simulation à partir d'anciens ''restart'' (Remonter dans le temps)

Pour relancer une simulation à partir de fichiers ''restart'' antérieurs
au dernier pas de temps (i.e., dernière itération) il faut faire
quelques manipulations de fichiers. Voici les étapes à suivre:

* effacer toutes les lignes du ''restart.db'' qui suivent la ligne contenant le dernier pas de temps complété à partir duquel on veut redémarrer (troisième colonne du fichier) ;
* editer ''time.step'' pour y inscrire le dernier pas de temps complété. Il doit être identique au pas de la dernière colonne de ''restart.db'' ;
* editer le fichier ''ice.restart_file'' et y iscrire le bon nom de fichier de redémarrage pour la glace ;
* editer [env_polr.sh](env_polr.sh.md) et y ajuster ''MAXSUB'' ;
* faire un appel à '''prep_nemo_run.sh''' pour redémarrer la moulinette.

Toutes ces manipulations seront automatisées dans une version ultérieure de '''nemo_restart'''.

#### Exemple à partir d'anciens ''restart''

Dans cet exemple, le modèle a déjà fait six itérations mensuelles soit
du 7 décembre 2015 au 31 mai 2016. Les fichiers de ''restart'' ont été
créés à la fin de chaque mois. Nous avons donc six ''restart'' pour
'''NEMO''' et '''CICE''' et l'environnement a déjà été initialisé par
'''prep_nemo_run.sh''' pour lancer une nouvelle itération debutant le
1er juin. On suppose ici que l'arrêt a été provoqué parce que ''MAXSUB'' a été atteint.

Contenu du fichier ''restart.db'' :

1 1 7200
2 7201 16128
3 16129 24480
4 24481 33408
5 33409 42048
6 42049 50976

Contenu du fichier ''time.step'' :

50976

Contenu du fichier ''ice.restart_file'' :

./ice_restart_dir/iced.2016-06-01-00000

Contenu du répertoire ''ice_restart_dir'' :

iced.2016-01-01-00000
iced.2016-02-01-00000
iced.2016-03-01-00000
iced.2016-04-01-00000
iced.2016-05-01-00000
iced.2016-06-01-00000

'''NOTE''': Les fichiers de ''restart'' créés par '''CICE''' contiennent
dans leur nom la date de début de la prochaine itération, alors que
le nom des ''restart'' de '''NEMO''' contient le numéro du dernier pas
de temps exécuté.

Pour cet exemple, nous allons relancer la simulation à partir du 1er
avril 2016. Il nous faut donc redémarrer à partir du pas de temps
'''33408''' (dernier pas de temps du 31 mars) et avec le restart de
glace nommé '''iced.2016-04-01-00000'''.

Étapes d'édition à faire :

* On édite ''restart.db'' et on efface les lignes suivant le pas '''33408''' dans la troisième colonne ;
* On édite ''time.step'' et on y remplace la valeur par '''33408''' ;
* On édite ''ice.restart_file'' et on y remplace la valeur par ''./ice_restart_dir/iced.2016-04-01-00000'' ;
* On édite ''env_polr.sh'' et on ajuste la valeur de ''MAXSUB'' au nombre d'itération à faire.

Après édition on aura donc :

Contenu du fichier ''restart.db'' :

1 1 7200
2 7201 16128
3 16129 24480
4 24481 33408

Contenu du fichier ''time.step'' :

33408

Contenu du fichier ''ice.restart_file'' :

./ice_restart_dir/iced.2016-04-01-00000

Contenu du fichier ''env_polr.sh''

...lignes escamotées

export MAXSUB=13

'''NOTE''': Ici ''MAXSUB'' a été mis à 13 car on veut terminer la simulation à la fin décembre 2016.

Il ne reste plus qu'à repartir la moulinette en faisant un appel à '''prep_nemo_run.sh'''

---

Auteur : James Caveen

Date : décembre 2019

Fortement inspiré des scripts RAPPAT.ksh et POST-TREATMENT.ksh du CMC

[[Category:NEMO]]
[[Category:RESTART]]

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	=== Utilisation ===		=== Utilisation ===
		+
		+	Avant d'utiliser '''nemo_restart''', il faut initialiser l'environnement dans son répertoire de travail en faisant un appel au script [[init_nemo_restart\|init_nemo_restart.sh]] .
		+

	==== À partir du pas de temps 0 (zéro) ====		==== À partir du pas de temps 0 (zéro) ====

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	Auteur : James Caveen		Auteur : James Caveen

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−	'''NOTE''': Les fichiers de ''restart'' créés par '''CICE''' contiennent	+	'''NOTE''': Les fichiers de ''restart'' créés par '''CICE''' contiennent dans leur nom la date de début de la prochaine itération, alors que le nom des ''restart'' de '''NEMO''' contient le numéro du dernier pas de temps exécuté.
−	dans leur nom la date de début de la prochaine itération, alors que
−	le nom des ''restart'' de '''NEMO''' contient le numéro du dernier pas
−	de temps exécuté.

	Pour cet exemple, nous allons relancer la simulation à partir du 1er		Pour cet exemple, nous allons relancer la simulation à partir du 1er

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 augmentant la valeur de ''MAXSUB'' dans le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md).
-Pour relancer la simulation, on fait ensuite un appel à
+Pour relancer la simulation, on fait ensuite un appel à '''prep_nemo_run.sh'''.
 ==== Relancer une simulation à partir d'anciens ''restart'' (Remonter dans le temps) ====

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 * calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;
 * créer le fichier '''restart.db''' et y inscrire une première ligne (e.g., ''1 1 7200'', pour les pas de 1 à 7200) ;
-* faire un appel à [[lance_nemo_run.sh|lance_nemo_run]] qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub lance_job.pbs'' pour lancer la simulation.
+* faire un appel à [[lance_nemo_run|lance_nemo_run.sh]] qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub lance_job.pbs'' pour lancer la simulation.
 Lorsque cette première itération sera complétée, '''prep_nemo_run.sh'''
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 * vérifier que l'itération précédente s'est bien terminée en comparant le contenu des fichiers ''time.step'' du modèle (créé par NEMO) et ''restart.db'' ;
-* vérifier la valeur de ''MAXSUB'' lue dans [env_polr.sh](env_polr.sh.md) afin de s'assurer qu'on doit démarrer une nouvelle itération, sinon, on arrête ;
+* vérifier la valeur de ''MAXSUB'' lue dans [[env_polr.sh]] afin de s'assurer qu'on doit démarrer une nouvelle itération, sinon, on arrête ;
 * lire le fichier  [[env_polr.sh]] pour en extraire les informations nécessaires au calcul des prochains pas de temps à exécuter ;
 * calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;

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 Premièrement, on édite le fichier [[env_polr.sh]] et les
-gabarits [namelist_cfg_polr](namelist_cfg_polr.md) et
+gabarits [[namelist_cfg_polr]] et [[ice_in_polr]] pour y indiquer les paramètres de la simulation. Au besoin, on crée aussi le répertoire qui contiendra les
 fichiers de ''restart'' du modèle de glace (''ice_restart_dir'').
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 '''prep_nemo_run.sh''' fera alors les opération suivantes:
-* lire le fichier  [env_polr.sh](env_polr.sh.md) pour en extraire les informations nécessaires au calcul des premiers pas de temps à exécuter ;
+* lire le fichier  [[env_polr.sh]] pour en extraire les informations nécessaires au calcul des premiers pas de temps à exécuter ;
 * calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;
 * créer le fichier '''restart.db''' et y inscrire une première ligne (e.g., ''1 1 7200'', pour les pas de 1 à 7200) ;
-* faire un appel à [lance_nemo_run.sh](lance_nemo_run.sh.md) qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub lance_job.pbs'' pour lancer la simulation.
+* faire un appel à [[lance_nemo_run.sh|lance_nemo_run]] qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub lance_job.pbs'' pour lancer la simulation.
 Lorsque cette première itération sera complétée, '''prep_nemo_run.sh'''
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 * vérifier que l'itération précédente s'est bien terminée en comparant le contenu des fichiers ''time.step'' du modèle (créé par NEMO) et ''restart.db'' ;
 * vérifier la valeur de ''MAXSUB'' lue dans [env_polr.sh](env_polr.sh.md) afin de s'assurer qu'on doit démarrer une nouvelle itération, sinon, on arrête ;
-* lire le fichier  [env_polr.sh](env_polr.sh.md) pour en extraire les informations nécessaires au calcul des prochains pas de temps à exécuter ;
+* lire le fichier  [[env_polr.sh]] pour en extraire les informations nécessaires au calcul des prochains pas de temps à exécuter ;
 * calculer les pas de temps de départ et de fin de l'itération à venir ;
 * ajouter à la fin du fichier '''restart.db''' une nouvelle ligne pour les prochains pas de temps (e.g., ''2 7201 16128'') ;
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 * déplacer les fichiers de ''restart'' dans le sous-répertoire ''RST/RST_[NO_DE_PAS_DE_TEMPS]'' ;
 * créer des liens symboliques ''restart_xxxxx.nc'' vers ces fichiers de ''restart'' ;
-* refaire un appel à  [lance_nemo_run.sh](lance_nemo_run.sh.md) qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub'' pour poursuivre la simulation.
+* refaire un appel à  [[lance_nemo_run|lance_nemo_run.sh]] qui préparera les ''namelists'' des modèles et fera un appel à ''qsub'' pour poursuivre la simulation.
 La séquence se poursuivra jusqu'à ce que le nombre d'itérations soit égal à ''MAXSUB'' .

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-Premièrement, on édite le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md) et les
+Premièrement, on édite le fichier [[env_polr.sh]] et les
 gabarits [namelist_cfg_polr](namelist_cfg_polr.md) et
 [ice_in_polr](ice_in_polr.md) pour y indiquer les paramètres de la

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 [ice_in_polr](ice_in_polr.md) pour y indiquer les paramètres de la
 simulation. Au besoin, on crée aussi le répertoire qui contiendra les
-fichiers de ''restart'' du modèle de glace (_ice_restart_dir_).
+fichiers de ''restart'' du modèle de glace (''ice_restart_dir'').
- On fait ensuite un appel à '''prep_nemo_run.sh''' pour lancer la moulinette.
+On fait ensuite un appel à '''prep_nemo_run.sh''' pour lancer la moulinette.
 '''prep_nemo_run.sh''' fera alors les opération suivantes:
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 La séquence se poursuivra jusqu'à ce que le nombre d'itérations soit égal à ''MAXSUB'' .
 ==== Relancer une simulation stoppée par ''MAXSUB'' ====

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-# Documentation du script prep_nemo_run.sh
+== Documentation du script prep_nemo_run.sh ==
 Le script '''prep_nemo_run.sh''' sert à préparer l'environnement de la
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 de ''restart''.
-## Utilisation
+=== Utilisation ===
-### À partir du pas de temps 0 (zéro)
+==== À partir du pas de temps 0 (zéro) ====
 Premièrement, on édite le fichier [env_polr.sh](env_polr.sh.md) et les
@@ Ligne 46 : / Ligne 46 : @@
-### Relancer une simulation stoppée par ''MAXSUB''
+==== Relancer une simulation stoppée par ''MAXSUB'' ====
 Lorsqu'une simulation a été stoppée parce que le nombre d'itérations a
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 [prep_nemo_run.sh](prep_nemo_run.sh.md).
-### Relancer une simulation à partir d'anciens ''restart'' (Remonter dans le temps)
+==== Relancer une simulation à partir d'anciens ''restart'' (Remonter dans le temps) ====
 Pour relancer une simulation à partir de fichiers ''restart'' antérieurs
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 Toutes ces manipulations seront automatisées dans une version ultérieure de '''nemo_restart'''.
-#### Exemple à partir d'anciens ''restart''
+==== Exemple à partir d'anciens ''restart'' ====
 Dans cet exemple, le modèle a déjà fait six itérations mensuelles soit