2025 Winter School

Welcome to the winter school 2025 Data Analysis session!

The session aims to introduce photogrammetry from drone imagery. For this we use an Open-Source software: OpendroneMap This tutorial contains all the step-by-step information to create a first orthomosaic and a 3D DEM (Digital Elevation Model) using ODM.

Getting started

Given that photogrammetry requires significant computing resources, particularly in terms of RAM, the processing will be carried out on the UQAR high performance computing infrastructure which hosts a cluster named Pelerin.

Connecting to Pelerin

To access the cluster, we will use the client SSH MobaXterm. Please click on this link to download the client: mobaxterm or (if link doesn't work), download the portable edition from https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html . Une fois le dossier .zip décompressé, lancez le programme .exe

Now open a new SSH session by clicking on the tab sessions → ssh.

• The domain name is : calculs.uqar.ca
• the username is: formation
• The password is : *************

From now on, all the processing will be carried out using linux command lines. (Go to the Linux Basic Commands tab for help) You are now on the computing infrastructure. to access the cluster:

ssh pelerin

You are now connected to the cluster. It contains 27 nodes (computers). Each of these node contains between 40 and 512 cpus as well as 80MB to 2.5TB of RAM. For the purposes of training, each participant will be assigned a node (e.g. calcul-6) on which t to perform the analyses. To access it:

ssh <my_node>

User guide

• create a new directory under /home/formation:

mkdir ~/<my_directory>

(note: as you are using a shared directory, please use a name different from the others, this can be your last name for example)

• create a symbolic link from the data to a subdirectory that should be named images under your working directory:

ln -s ~/DATASET/exp1 ~/<my_directory>/images

• You are now ready to create your first orthomosaic using singularity and ODM.

singularity run --bind ~/<my_directory>/:/datasets/code ~/odm.sif --project-path /datasets --fast-orthophoto

This command is just an example of using ODM. The general syntax is:

singularity run [arguments for singularity] <path_to_odm>.sif [arguments for ODM]

The command singularity run executes odm.sif avec des paramètres ou des options dont les principales sont listées ci-dessous. Vous trouverez une description exhaustive des arguments possibles ici.

-v $(pwd)/:/datasets/code permet de faire un lien entre le répertoire local et l'emplacement virtuel dans le conteneur. Cette syntaxe va exécuter le script sur le disque contenant votre répertoire local (/archives ou /home par exemple).

All the arguments and detailed informations for ODM can be found in the ODM documentation. The more useful are showed below:

   --project-path /datasets crée l'arborescence des répertoires nécessaire pour le projet, dans le répertoire local. Il est important d'utiliser cette syntaxe pour être capable de relancer un traitement à mi-chemin (--rerun-from odm_meshing par exemple) une fois le traitement initial achevé.
   --fast-orthophoto permet de réaliser une orthomosaïque sans faire de modèle 3D. Les résultats sont généralement passablement moins bons, mais le temps d'execution est nettement plus rapide.
   --dtm permet de réaliser un modèle digital de terrain qui s'appuie sur les différentes élévations des objets retrouvés dans les photos