Modules

Introduction

L'application Environment Modules permet de modifier l'environnement d'un utilisateur afin qu'il puisse avoir accès à certaines fonctionnalités. Cet outil est commode lorsque plusieurs utilisateurs utilisent, par exemple, différentes versions d'un même logiciel, ou bien lorsque différents modèles requièrent différentes version d'un même compilateur.

Comment utiliser les modules

Par défaut module est initialisé pour tous les utilisateurs de Mingan via le fichier /etc/bashrc. La commande module avail permet de voir la liste des modules qui sont disponibles, i.e. qui ont été préalablement installés par l'administrateur. Sur Mingan, en date du 26 février 2015, on obtient:

$ module avail
---------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -----------------------
dot              modules          rocks-openmpi
module-git       null             rocks-openmpi_ib
module-info      opt-python       use.own

----------------------------- /etc/modulefiles ------------------------------
openmpi-x86_64

---------------------- /share/apps/modules/modulefiles ----------------------
gcc/4.9.2    mpich2        openmpi-1.8.3-gcc-4.9.2
makedepf90   openmpi/1.8.3  rom_nc_lib

Les modules peuvent être chargés ou déchargés avec les commandes module load ou module unload, respectivement. Pour voir quels modules sont chargés, utilisez la commande module list

$ module list
No Modulefiles Currently Loaded.

Pour charger un module,

$ module load mpich2
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
  1) mpich2

Pour connaître les propriété d'un module,

$ module whatis dot
dot: adds '.' to your PATH environment variable

ou encore,

$ module display dot
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/modulefiles/dot:
module-whatis	 adds `.' to your PATH environment variable 
append-path	 PATH . 
-------------------------------------------------------------------

Description des modules

Module	Description
dot	Ajoute le répertoire courant (./) à la variable PATH
modules	Charge l'environnement pour modules
rocks-openmpi	Utiliser OpenMPI compilé avec Rocks avec trasnport tcp
module-git	Obtenir les codes sources de la version courante de l'environnement module
null	Module qui ne fait absolument rien
rocks-openmpi_ib	Utiliser OpenMPI compilé avec Rocks avec trasnport ib (pas utilisable sur mingan)
module-info	retourne les informations et valeurs concernant le logiciel module
opt-python	Charge Python version 2.7.6 ou 3.3 au lieu du Python par défaut qui est à la version 2.6.6
netcdf/gcc-4.9.2	Bibliothèque NetCDF compilée avec gcc 4.9.2 (Requiert le module gcc/4.9.2)
use.own	Ajoute vos propres fichiers module à la variable MODULEPATH
openmpi-x86_64	Version de openmpi compilée avec GCC 4.4 sans interaction avec TORQUE
gcc/4.9.2	Charge la version 4.9.2 des compilateurs GNU
mpich2	Charge l'environnement mpich2
openmpi/1.8.3-gcc-4.9.2	Charge la version 1.8.3 de openmpi compilée avec GCC version 4.9.2 et interaction avec TORQUE (Requiert le module gcc/4.9.2)
octave/3.8.2	Charge la version 3.8.2 d'Octave
openmpi/1.8.3	Charge openmpi version 1.8.3 avec interraction avec TORQUE
makedepf90	Rend disponible le générateur de dépendences pour Fortran 90
rom_nc_lib	Charge l'environnement permettant d'utiliser la bibliothèque rom_nc_lib pour les sorties netcdf du modèle MOR

Références

• https://portal.ivec.org/docs/Supercomputers/Modules
• http://modules.sourceforge.net/