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Bienvenue !
Si vous consultez cette page, c'est qu'on vous y a donné accès afin que vous puissiez apprendre comment fonctionnent les outils et modèles numériques communément utilisés en océanographie à l'Institut des sciences de la mer (ISMER). Le contenu de ce Wiki a été créé par des personnes qui ont travaillé dur pour comprendre des programmes complexes, inventer des outils ou des algorithmes à force d'essais et d'erreurs. Vous êtes donc très fortement encouragés à partager le fruit de votre propre expérience en laissant ici des traces écrites de votre cheminement. L'équipe du LASSO vous en remercie à l'avance. Vous pouvez donc naviguer en utilisant le menu de gauche et n'hésitez pas à éditer le contenu que vous trouverez incomplet, erroné ou qui manque de clarté. Bonne lecture!
Membres
Consultez la page des Membres du LASSO.
Activités
12 avril 2013
Réunion du LASSO (parité 3F/9H)
Simon Senneville résumé les principaux résultats du projet d'évaluation du climat de glace de rive dans la Baie d'Hudson. Les différents logos sont présentés et on remet à plus tard le choix du logo du LASSO. Fred Maps nous rend visite avec Amir le prince.
15 février 2013
Réunion LASSO (parité 4F/17H)
Yannick nous parle de son stage réalisé avec Dany sur la dynamique de la banquise en zone marginale. Il présente le langage et l'interface NetLogo et le programme qu'il a écrit pour simuler les collisions inélastiques d'un grand nombre de disques soumis à des forces externes.
N (quelqu'un se souvient de la date?) octobre 2013
Réunion du LASSO (parité ?)
Frédéric Cyr nous parle de son stage réalisé en Virginie (??) sur le développement de la méthode PIV en milieu naturel. Son stage faisait l'objet du cours Nouveau développement en océanographie et a été financé par Québec-Océan.
Modèles
- MOR - Modèle Océanique Régional
- MOM - Modular Ocean Model
- GOTM - General Ocean Turbulence Model
- WAVEWATCH
- NetLogo
- SWAN - Simulating Waves Nearshore
- FABM - Framework for Aquatic Biogeochemical Models
- WIM
Méthodes et outils
Matlab
En plus des boîtes à outils et des fonctions natives ou disponibles sur le web, les chercheurs et étudiants du LASSO utilisent une grande quantité de fonctions qu'ils ou elles ont eux-mêmes développées et peaufinées avec le temps et l'expérience pour exécuter les tâches les plus diverses, simples ou complexes. Cette section vise à partager et documenter les fonctions ou les boîtes à outils qui pourraient être utilisés par d'autres dans différents contextes. Dans ce contexte de partage, nous avons pris l'initiative de rédiger un guide des bonnes pratiques de codage qui renferme à la fois des trucs pour rendre nos fonctions performantes, mais aussi des règles favorisant la lecture et l'interprétation des routines propres à l'océanographie. La façon dont une routine est écrite peut faire toute la différence entre une routine largement utilisée et une routine qui reste sur les tablettes lorsque son auteur ne l'utilise plus.
Guide des bonnes pratiques de codage Matlab
| Fonction | Description | Auteur |
|---|---|---|
| g_rect Nom d'usager: g_rect Mot de passe: g_rect |
A Matlab toolbox for georectifying digital images | Daniel Bourgault |
Ferret
Le logiciel de visualisation et d'analyse des données Ferret développé par la NOAA est installé sur les deux serveurs de calcul du LASSO ainsi que sur plusieurs postes de travail du laboratoire. La documentation complète de Ferret est disponible en ligne.
Pour pouvoir utiliser Ferret avec les fichiers de sorties du MOR - Modèle Océanique Régional, deux fonctions externes ont été développées au LASSO. Ces fonctions externes sont incluses dans les Ferret installés sur les serveurs de calcul. La fonction nc_rar permet de décompresser les champs des fichiers du MOR - Modèle Océanique Régional alors que la fonction rom_flip permet de les retourner selon l'axe Y.