Python

Python est un langage de script de haut niveau, structuré, portable et libre. Très utilisé dans le milieu scientifique, la communauté est vaste et très active. Il existe de nombreuses bibliothèques logicielles qui couvre un éventail de domaines de recherche/développement.

Bibliothèques fréquement utilisées

Bibliothèque python	domaine d'application
Scipy	calcul scientifique
Numpy	manipulation de matrice à N-dimension
Matplotlib	visualisation graphique de données 2D
Pandas	manipulation de bases de données et séries temporelles
os	gestion de fichiers et de dossiers

Initiation au language Python

Une initiation a été offerte par Élie Dumas-Lefebvre en juin 2017 (Voir lien en bas de page).

Python peut être utilisé en mode interactif via un terminal en lançant la commande ipython (sur Mingan, il faut en premier lieu charger le module python module load python/3.6) ou bien à l'aide de scripts. Un script python est un fichier texte dont l'extension est .py. Il est structuré comme suit:

• une entête qui défini l'environnmement python
  

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

• un descritif succinct (entre triple guillements)
  

"""Ce script génère un graphique
       de toute beauté"""

• importer les bibliothèques nécessaire
  

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd

• le corps du script

# lecture du fichier csv
df = pd.read_csv('/share/archives/partage_lasso/spot/spots_pos_flag_clean.csv',delimiter=';')
# suppression des doublons
df = df.drop_duplicates(take_last=True)<br>

# selection des positions désirées (ici positions flagées OCN pour les spots 20 à 50)
GSL = df[(df.FLAG == "OCN") & (df.SPOT >= 20) \
       & (df.SPOT <= 50)]
for spot, group in GSL.groupby(['SPOT']):
    latitude = group.LAT.values
    longitude = group.LON.values
    plt.scatter(longitude, latitude)
plt.title("Positions des spots 20 à 50")

Exécution d'un script Python

Pour exécuter un script python sur un terminal, tapez : python nom_du_programme.py
Veuillez noter que le fichier texte doit être exécutable pour qu'il puisse être utiliser comme script python.
Afin de rendre exécutable le fichier python, on doit utiliser la commande

chmod +x nom_du_programme.py

Cette commande nous donne donc le droit (+) d'éxécuter (x) le fichier note programme python.

S'il y a des arguments au script, ils doivent être placés après le nom du script (par exemple : python nom_du_programme.py arg1 arg2).

Pour en savoir plus sur les scripts : Introduction aux scripts de l'interpréteur BASH

Installation de bibliothèques

Python vient avec plusieurs bibliothèques préinstallés. Toutefois, il se peut que vous vouliez en utiliser d'autres sur votre poste ou la grappe de calcul Mingan. L'installation de bibliothèques se fait par l'intermédiare d'un gestionnaire de paquets, lequel est livré lors de l'installation de python (pip pour python 2; pip3 pour python 3). Il n'est pas nécessaire d'être administrateur pour pouvoir installer les bibliothèques désirées. La procédure est la suivante pour le gestionnaire pip3 :

• Pour installer la bibliothèque h5py : pip3 install --user h5py
• Pour chercher une bibliothèque : pip3 search beautifulsoup4
• Pour voir les bibliothèques déjà installées : pip3 list
• pour supprimer une bibliothèque : pip3 uninstall h5py

Pour plus d'informations, vous pouvez consulter le site de pip3 où les procédures d'installation/utilisation sont détaillées.

Présentation Python