Utilisation mingan

Connexion à la grappe Mingan

Pour se connecter sur la grappe Mingan, vous devez avoir un compte usager commun à l'ensemble des ordinateur du POLR. Afin d'obtenir ce compte usager, contactez admin_calcul.

Si vous avec un compte et que vous êtes sur le réseau interne, il vous suffit de taper la commande suivante:

ssh -Y mingan              # Si votre compte est le même sur Mingan que sur le terminal actuel
ssh -Y usager@mingan       # Si votre compte est différent sur Mingan que sur le terminal actuel

Vous êtes alors sur le nœud login-0-4. Ce nœud est limité au développement du code, à la compilation et pour l’exécution de tâches légères et non répétitives. Pour les autres taches, veuillez consulter les sections suivantes.

Lancer des tâches sur Mingan

Afin de lancer une tache sur la grappe, vous devez utiliser la commande qsub. Cette commande est habituellement appelée avec un fichier de directive. Consultez la section concernant la soumission de taches

Si la tâche que vous désirez soumettre via qsub utilise Matlab, vous devez vous assurer que vous n'avez pas une session Matlab déjà active sur un nœud, que ce soit une session interactive sur compute-0-2 ou compute-0-3 ou une tâche en lot sur un autre nœud de calcul. Cette restriction découle du fait que nous n'avons que 10 licences Matlab et que ces licences sont attribuées de la façon suivante:

• une licence par utilisateur, par nœud de calcul ;
• sur un même nœud, un utilisateur peut lancer plusieurs instances de Matlab en ne consommant qu'une seule licence .

Utiliser Matlab en mode interactif

Vous pouvez lire ces instructions lors de votre connexion à Mingan.

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         Bienvenue sur mingan
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       /  |/  /___ _/ /_/ /___ _/ /_ 
      / /|_/ / __ `/ __/ / __ `/ __ \
     / /  / / /_/ / /_/ / /_/ / /_/ /
    /_/  /_/\__,_/\__/_/\__,_/_.___/ 
                                 
Pour utiliser MATLAB en mode interactif, vous devez vous
connecter sur les noeuds de calcul qui lui sont dédiés.

    Pour les étudiants : ssh -Y compute-0-5

    Pour les chercheurs : ssh -Y compute-0-3

On ne doit plus lancer MATLAB sur le noeud de 
    login (mingan, alias login-0-4)

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À cause de la gourmandise sans borne de Matlab et le nombre de licences limitées, nous avons isolé l'utilisation interactive de Matlab à deux noeuds. Pour vous y rendre, vous devez exécuter la commande suivante.

ssh -Y compute-0-2          # pour les étudiants

ssh -Y compute-0-3          # pour les chercheurs

N.B. On ne doit pas lancer de Matlab sur le nœud de login (alias login-0-4).

Lancer des tâches Matlab en lot

Si vous désirez soumettre des tâches Matlab en lot avec qsub veuillez consulter la section traitant de Matlab et Torque/PBS

Ecriture et stockage

Chaque utilisateur de mingan a à sa disposition trois espaces de stokage qui sont accessibles sur tous les nœuds de la grappe:

$HOME

Répertoire personnel

Sauvegardes journalières sur ruban

Taille : 875 GO

/share/archives/<usager>

Répertoire où conserver ce qui est précieux

Sauvegardes journalières sur ruban

Taille : 54 TO

/share/work/<usager>

Répertoire de travail pour fichiers temporaires

Pas de sauvegardes journalières sur ruban

Taille : 5 TO

De plus, chaque nœud de calcul offre un espace scratch local qui peut être utilisé pour stocker temporairement des résultats de calculs. Cet espace n'est pas sauvegardé sur ruban et n'est pas partagé (chaque nœud a son propre espace scratch).

/state/partition1/<usager>

Répertoire pour stockage local temporaire sur un nœud

L'usager doit s'assurer de faire le ménage de son espace

Taille : 900 GO

Pas de sauvegardes journalières sur ruban

Un système de surveillance (Nagios) vérifie continuellement l'espace disque utilisé sur les systèmes de fichiers $HOME, /share/work et /share/archives. Lorsque le taux d'utilisation dépasse un certain seuil (~85%), un courriel est envoyé à tous les utilisateurs de la grappe mingan pour les aviser de la situation. Les gros consommateurs d'espace disque doivent alors prendre les mesures nécessaires afin que la situation ne devienne pas un problème pour tous les autres utilisateurs de mingan.

Objet:	** PROBLEM alert - mingan-administration/Disque work is WARNING **

***** Nagios  *****

Notification Type: PROBLEM

Service: Disque work
Host: mingan-administration
Address: 132.215.29.200
State: WARNING 

Date/Time: Tue Jul 18 11:14:15 EDT 2017

Additional Info:

DISK WARNING - free space: /share/work 783347 MB (15% inode=99%):