Différences entre versions de « Utilisation mingan »
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Pour se connecter sur la grappe Mingan, vous devez avoir un compte usager commun à l'ensemble des ordinateur du POLR. | Pour se connecter sur la grappe Mingan, vous devez avoir un compte usager commun à l'ensemble des ordinateur du POLR. | ||
| − | Afin d'obtenir ce compte usager, contactez [ | + | Afin d'obtenir ce compte usager, contactez [mailto:admin_calcul@uqar.ca admin_calcul]. |
Si vous avec un compte et que vous êtes sur le réseau interne, il vous suffit de taper la commande suivante: | Si vous avec un compte et que vous êtes sur le réseau interne, il vous suffit de taper la commande suivante: | ||
| − | ssh -Y mingan | + | ssh -Y mingan # Si votre compte est le même sur Mingan que sur le terminal actuel |
| − | ssh -Y usager@mingan | + | ssh -Y usager@mingan # Si votre compte est différent sur Mingan que sur le terminal actuel |
Vous êtes alors sur le nœud ''login-0-4''. Ce nœud est limité au développement du code, à la compilation et pour l’exécution de tâches légères et non répétitives. Pour les autres taches, veuillez consulter les sections suivantes. | Vous êtes alors sur le nœud ''login-0-4''. Ce nœud est limité au développement du code, à la compilation et pour l’exécution de tâches légères et non répétitives. Pour les autres taches, veuillez consulter les sections suivantes. | ||
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* une licence par utilisateur, par nœud de calcul ; | * une licence par utilisateur, par nœud de calcul ; | ||
| − | * sur un même nœud, un utilisateur peut lancer plusieurs instances de ''Matlab'' | + | * sur un même nœud, un utilisateur peut lancer plusieurs instances de ''Matlab'' en ne consommant qu'une seule licence . |
==Utiliser Matlab en mode interactif== | ==Utiliser Matlab en mode interactif== | ||
| − | Vous pouvez lire ces instructions lors de votre connexion à Mingan | + | Vous pouvez lire ces instructions lors de votre connexion à Mingan. |
| − | Pour les étudiants: ssh -Y compute-0- | + | ############################################## |
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| + | Pour utiliser MATLAB en mode interactif, vous devez vous | ||
| + | connecter sur les noeuds de calcul qui lui sont dédiés. | ||
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| + | ssh -Y compute-0-2 # pour les étudiants | ||
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'''N.B. On ne doit pas lancer de Matlab sur le nœud de login (alias login-0-4).''' | '''N.B. On ne doit pas lancer de Matlab sur le nœud de login (alias login-0-4).''' | ||
| − | ==Lancer des | + | ==Lancer des tâches Matlab en lot== |
| − | Si vous désirez soumettre des tâches ''Matlab'' en lot avec ''qsub'' veuillez consulter la section traitant de [[PBS_et_matlab Matlab et Torque/PBS]] | + | Si vous désirez soumettre des tâches ''Matlab'' en lot avec ''qsub'' veuillez consulter la section traitant de [[PBS_et_matlab | Matlab et Torque/PBS]] |
==[[Écriture et stockage|Ecriture et stockage]]== | ==[[Écriture et stockage|Ecriture et stockage]]== | ||
| + | Chaque utilisateur de mingan a à sa disposition trois espaces de stokage qui sont accessibles sur tous les nœuds de la grappe: | ||
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| + | : Sauvegardes journalières sur ruban | ||
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| + | ; /share/archives/<usager> | ||
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| + | : Répertoire de travail pour fichiers temporaires | ||
| + | : '''Pas de sauvegardes journalières sur ruban''' | ||
| + | : Taille : 5 TO | ||
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| + | De plus, chaque nœud de calcul offre un espace '''''scratch''''' local qui peut être utilisé pour stocker '''''temporairement''''' des résultats de calculs. Cet espace n'est pas sauvegardé sur ruban et n'est pas partagé (chaque nœud a son propre espace '''''scratch'''''). | ||
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| + | : Répertoire pour stockage local temporaire sur un nœud | ||
| + | : L'usager doit s'assurer de faire le ménage de son espace | ||
| + | : Taille : 900 GO | ||
| + | : '''Pas de sauvegardes journalières sur ruban''' | ||
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| + | Un système de surveillance ('''Nagios''') vérifie continuellement l'espace disque utilisé sur les systèmes de fichiers ''$HOME'', ''/share/work'' et ''/share/archives''. Lorsque le taux d'utilisation dépasse un certain seuil (~85%), un courriel est envoyé à tous les utilisateurs de la grappe mingan pour les aviser de la ''situation''. Les gros consommateurs d'espace disque doivent alors prendre les mesures nécessaires afin que la ''situation'' ne devienne pas un ''problème'' pour tous les autres utilisateurs de mingan. | ||
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| + | Objet: ** PROBLEM alert - mingan-administration/Disque work is WARNING ** | ||
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| + | Notification Type: PROBLEM | ||
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| + | Service: Disque work | ||
| + | Host: mingan-administration | ||
| + | Address: 132.215.29.200 | ||
| + | State: WARNING | ||
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| + | Date/Time: Tue Jul 18 11:14:15 EDT 2017 | ||
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| + | DISK WARNING - free space: /share/work 783347 MB (15% inode=99%): | ||
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[[Category:Mingan]] | [[Category:Mingan]] | ||
| + | [[Category:Matlab]] | ||
| + | [[Category:PBS]] | ||
| + | [[Category:Torque]] | ||
Version actuelle datée du 28 octobre 2021 à 09:22
Politique d'utilisation de la grappe
Connexion à la grappe Mingan
Pour se connecter sur la grappe Mingan, vous devez avoir un compte usager commun à l'ensemble des ordinateur du POLR. Afin d'obtenir ce compte usager, contactez admin_calcul.
Si vous avec un compte et que vous êtes sur le réseau interne, il vous suffit de taper la commande suivante:
ssh -Y mingan # Si votre compte est le même sur Mingan que sur le terminal actuel ssh -Y usager@mingan # Si votre compte est différent sur Mingan que sur le terminal actuel
Vous êtes alors sur le nœud login-0-4. Ce nœud est limité au développement du code, à la compilation et pour l’exécution de tâches légères et non répétitives. Pour les autres taches, veuillez consulter les sections suivantes.
Lancer des tâches sur Mingan
Afin de lancer une tache sur la grappe, vous devez utiliser la commande qsub. Cette commande est habituellement appelée avec un fichier de directive. Consultez la section concernant la soumission de taches
Si la tâche que vous désirez soumettre via qsub utilise Matlab, vous devez vous assurer que vous n'avez pas une session Matlab déjà active sur un nœud, que ce soit une session interactive sur compute-0-2 ou compute-0-3 ou une tâche en lot sur un autre nœud de calcul. Cette restriction découle du fait que nous n'avons que 10 licences Matlab et que ces licences sont attribuées de la façon suivante:
- une licence par utilisateur, par nœud de calcul ;
- sur un même nœud, un utilisateur peut lancer plusieurs instances de Matlab en ne consommant qu'une seule licence .
Utiliser Matlab en mode interactif
Vous pouvez lire ces instructions lors de votre connexion à Mingan.
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Bienvenue sur mingan
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/ /|_/ / __ `/ __/ / __ `/ __ \
/ / / / /_/ / /_/ / /_/ / /_/ /
/_/ /_/\__,_/\__/_/\__,_/_.___/
Pour utiliser MATLAB en mode interactif, vous devez vous
connecter sur les noeuds de calcul qui lui sont dédiés.
Pour les étudiants : ssh -Y compute-0-5
Pour les chercheurs : ssh -Y compute-0-3
On ne doit plus lancer MATLAB sur le noeud de
login (mingan, alias login-0-4)
##############################################
À cause de la gourmandise sans borne de Matlab et le nombre de licences limitées, nous avons isolé l'utilisation interactive de Matlab à deux noeuds. Pour vous y rendre, vous devez exécuter la commande suivante.
ssh -Y compute-0-2 # pour les étudiants ssh -Y compute-0-3 # pour les chercheurs
N.B. On ne doit pas lancer de Matlab sur le nœud de login (alias login-0-4).
Lancer des tâches Matlab en lot
Si vous désirez soumettre des tâches Matlab en lot avec qsub veuillez consulter la section traitant de Matlab et Torque/PBS
Ecriture et stockage
Chaque utilisateur de mingan a à sa disposition trois espaces de stokage qui sont accessibles sur tous les nœuds de la grappe:
- $HOME
- Répertoire personnel
- Sauvegardes journalières sur ruban
- Taille : 875 GO
- /share/archives/<usager>
- Répertoire où conserver ce qui est précieux
- Sauvegardes journalières sur ruban
- Taille : 54 TO
- /share/work/<usager>
- Répertoire de travail pour fichiers temporaires
- Pas de sauvegardes journalières sur ruban
- Taille : 5 TO
De plus, chaque nœud de calcul offre un espace scratch local qui peut être utilisé pour stocker temporairement des résultats de calculs. Cet espace n'est pas sauvegardé sur ruban et n'est pas partagé (chaque nœud a son propre espace scratch).
- /state/partition1/<usager>
- Répertoire pour stockage local temporaire sur un nœud
- L'usager doit s'assurer de faire le ménage de son espace
- Taille : 900 GO
- Pas de sauvegardes journalières sur ruban
Un système de surveillance (Nagios) vérifie continuellement l'espace disque utilisé sur les systèmes de fichiers $HOME, /share/work et /share/archives. Lorsque le taux d'utilisation dépasse un certain seuil (~85%), un courriel est envoyé à tous les utilisateurs de la grappe mingan pour les aviser de la situation. Les gros consommateurs d'espace disque doivent alors prendre les mesures nécessaires afin que la situation ne devienne pas un problème pour tous les autres utilisateurs de mingan.
Objet: ** PROBLEM alert - mingan-administration/Disque work is WARNING ** ***** Nagios ***** Notification Type: PROBLEM Service: Disque work Host: mingan-administration Address: 132.215.29.200 State: WARNING Date/Time: Tue Jul 18 11:14:15 EDT 2017 Additional Info: DISK WARNING - free space: /share/work 783347 MB (15% inode=99%):